アトランティス

遙か昔、地球上に存在したとされる伝説の超古代文明。
無限エネルギーのおかげで悠久の平和が訪れていたが、
オズマの暴走により滅亡寸前に追い込まれている。

マザー

究極の知性を持つ、万能思考型ネットワークシステムで、
アトランティスの政治や経済など、すべてを決定する存在。
オズマを倒す力を求め、
未来へのワームホールを創り出した。

イニシエ妖怪HERO

寺刃ジンペイたち中等部の生徒たちが
魔神ウォッチを使い、
新生妖魔界のパワーを得て変身した姿。
それぞれのメンバーが力の器を広げ、
格段にパワーアップしている。

Y学園高等部

中等部の北にそびえるY山脈を越えた先にあり、
大正ロマン風の独特な情緒が漂っている。
移動には、ハイパーリニア超特急・Yライナーを使う。

YSP

（Y）ヨーカイ・（S）スペシャル・（P）パワー、略してYSP。
YSP能力者は妖怪、もののけ、
その他霊的な存在と接触し、操る力を持っている。
寺刃ジンペイや小間サン太夫は、
学園に新設されたYSP基準入学者。

生徒会

学園を取り仕切っている組織。
その影響力は絶大で、
生徒会長を務める霧隠ラントの権力は
学園長と並ぶほどだとされている。

風紀委員

風紀タワーを拠点にし、生徒会と並ぶ権力を持つ。
委員長は来星ナユが務めている。
一見かわいらしい少女だが、
彼女もまた、相当なカリスマなのだろう。

Y研

学園最高の頭脳が集まったクラブ「Ｙ研」。
学園長からの依頼で秘密の研究を行っており、
YSPウォッチは、彼らによって作られた。
しかし風紀委員会の陰謀により、解散に追い込まれる。

学園七不思議

Y学園に伝わる七つの不思議な謎。
過去にその謎を解き明かしたものは一人もおらず、
全ての不思議を解明した時、
何かが起こると言われている。

トワイライト7

学園内で起こる不思議な7つの出来事。
その出来事は、『終わらない補習授業』から
『絶対に捨てられないムフフ本』など幅広い。
謎が解かれるとウォッチの力でメダル化する。

ガッコウガーY

Y学園が緊急事態と判断された際に、
学園内の施設を変形させて出来る巨大ロボ。
正式名称は、「超校合体 ガッコウガーY」。